2006年の発売から根強い人気を誇るPlayStation2用ゲーム「ペルソナ3」をアニメーション映画化した「PERSONA3 THE MOVIE」の第3章。季節は秋になり、結城理をはじめとしたペルソナ使いたちによる特別課外活動部と異形の怪物「シャドウ」との戦いにも、終わりが近づいていた。しかし、「影時間」を終わらせるためシャドウとの死闘を繰り広げる理の前に、謎の転校生・望月綾時が現れる。第3章監督は「銀河機攻隊マジェスティックプリンス」「デート・ア・ライブ」などを手がけてきた元永慶太郎。

从地球诞生之初，一种奇怪的生物便出现在这颗蓝色的星球上。他们不断进化、蜕变，终于成为我们所熟悉的小黄人的模样。小黄人们毕生寻找邪恶的老大，以成为他的部属为荣，但是千百万年来的努力最终化成一场空。经历了一段长久的沉寂，名叫凯文的小黄人决定再度上路，他带着热爱音乐的斯图尔特、成事不足败事有余的鲍勃，漂洋过海来到了1968年的美国。三个小家伙偶然听说奥兰多即将召开“恶人大会”，于是忙不迭地赶了过去，并且阴差阳错成为女魔头斯嘉丽·杀人狂（桑德拉·布洛克 Sandra Bullock 配音）的随从。很快斯嘉丽交给他们一个任务，那就是窃取英国女王的王冠。不知轻重的小家伙们笑嘻嘻地出征，等待他们的将是前所未有的大冒险……

少女成濑顺（水濑祈 配音）有着一段不堪回首的童年往事，曾经，年少无知的她因为口无遮拦，导致了家族的悲剧，而她本人亦被封印了言语，无法再开口说话。这样的顺终日生活在悲伤之中，和所有人都保持着距离，紧紧的关闭上了心门。某一天，浑浑噩噩迷迷糊糊的少年坂上拓実（内山昂辉 配音）、因为受伤而无法完成棒球梦想的田崎大树（细谷佳正 配音）、深陷令人苦恼的恋爱之中的拉拉队员仁藤菜月（雨宫天 配音）以及顺，这四人被老师任命组成了“地域沟通交流会”，他们要在交流会上表演一出音乐剧，可是班级里的大部分学生对此兴趣寥寥。在一片争执声中，顺突然出声，担下了演唱的任务。

神秘的蛋，你来自何处，要去向哪里？就让阿狸陪你踏上回家的路，穿越风雪，找到最温暖的家。

汉娜（高明珏 配音）自小失去了爸爸，所有人都说他已经去了另一个世界，唯有汉娜坚信，爸爸依旧活在世上。带着一支神奇的羽毛，汉娜孤身一人踏上了寻父之旅，她要找到神鸟，因为神鸟知道父亲的下落。在误打误撞之中，汉娜闯入了小矮人们坐落于森林之中的木屋内。得知汉娜的身世，白雪公主（阎萌萌 配音）和矮人们深受感动，他们决心帮助汉娜寻找父亲。一行人坐上了热气球，向神鸟居住的鸟岛前进。一路上，汉娜等人遭遇了天灾人祸，却并没有停下向前的脚步，最终，他们顺利抵达目的地，并得知父亲的失踪和邪恶的王后（林兰 配音）有着牵扯不清的关系。

小男孩萨瓦居住的村庄曾受到神秘白狼的保护，但由于攻击人类，白狼一族受到了魔法师的诅咒，村庄也被一群无情的土狼鬣狗侵占，设法逃脱的萨瓦开始了拯救村庄的旅程……

白勇奇（金来沅 饰）和金钟大（李敏镐 饰）这对落难兄弟无路可去，偶然机会他们帮黑社会打架，擅长打斗的钟大得到老大姜佶秀的赏识，他为了温饱干脆拜入姜的门下。怎奈世事难料，姜在受伤后金盆洗手，试图退出江湖...