林念与母亲相依为命 ，低调生活。林念偶然被当年实施基因改造的崔教授发现 ，崔教授命手下带人追捕林念。逃亡路上 ，沈煜出现将其救下 ，一系列事件后 ，林念，沈煜，宋然 ，三人联手追查真相。

武周时期，御史中丞胡显德一家被杀，武则天命狄仁杰前往调查。狄仁杰调查发现，原本老实本分的胡显德离奇般参与了一场大案，狄仁杰不禁生疑，察觉此案可能是一个案中案。狄仁杰查案过程中，不断遇见各种诡异事件，案件相关人员也接连离奇死亡。伴随着阴兵索命，案件一筹莫展，狄仁杰被巨大的阴谋笼罩……

漆黑的夜晚，一名间谍悄然潜入日本警方某机构，盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件的绝密数据。日本警方和FBI探员赤井秀一（池田秀一 配音）旋即与间谍展开追逐。最后，逃亡者的车辆坠落悬崖。第二天，柯南（高山南 配音）和伙伴们来到东都水族馆观光，结果发现一名受伤的美丽女子（天海佑希 配音）。该女子处于失忆状态，身上的手机也破损无法使用。柯南等人答应要帮她恢复记忆，当他们七嘴八舌之际，藏在暗处的黑衣组织成员贝尔摩德（小山茉美 配音）冷冷地注视着这一切。在相处过程中，女子非凡的身手和奇怪的言行举止让灰原哀（林原惠美 配音）对其真实身份产生怀疑。刚刚还一派祥和的水族馆，沉浸在快乐之中的人们，根本会想到随着那名神秘女子技艺的恢复，自己马上就要被卷入黑暗组织的杀戮和混乱之中……

知名建筑设计师森谷帝二这日邀请新一参加在他府上举办的茶会，柯南只得电话拜托小兰。柯南、小兰及毛利小五郎三人未入森府，已被绝对对称的宏伟建筑吸引。衣香鬓影的茶会上，森谷帝二令人诧异地大声攻击年轻设计师，讲建筑的美学准则要被他们破坏殆尽。柯南在规定时间内将他出给众宾客的难题破解，被获准和小兰一起参观陈有他设计图的展览馆，交谈中，他感慨30多岁初成名时的作品不够对称称不上完美，并从小兰口中打探到她要与新一在米花大楼约会为新一庆生的诸多细节。不久，柯南连接数通向新一挑战的电话，对方均告知他已在某地放置会在某时爆炸的炸弹，柯南将危机一一化解后，开始与警方、毛利一起分析到底是何人所为。电视报道其中最为轰动的爆炸案时，柯南由画面联想到所有炸弹放置的地点附近均有森谷帝二自认不完美的作品，心中一惊。众人拜访森谷帝二时，柯南暗中将他的宅邸查看，找出凶犯正是他的证据，原来他是狂热的完美主义者，想亲手毁掉年轻时因妥协设计出的不绝对对称作品，并借机报复没令他的宏伟设计夙愿在西多摩市达成的新一。被抓一刻，森谷帝二的冷笑令柯南醒悟：米花大楼亦是他不完美的作品，小兰正在那里等新一赴约。

在好友风间彻（真柴摩利 配音）的邀请之下，野原新之助（小林由美子 配音）、妮妮（林玉绪 配音）、阿呆（佐藤智惠 配音）和正男（一龙斋贞友 配音）来到了名叫“天下春日部学院”的超级精英学校中进行为期一周的体验入学，风间希望自己能够通过这一周的优秀表现来获得这所学校的入学资格。在天下春日部学院里，有一套非常严格的评分系统，每个人所佩戴的徽章严格的监视着所有学生的一言一行，如有不慎就会遭到扣分的处罚。在和不求上进只管捣乱的小新大吵了一架之后，风间跑进了矗立在学校内的钟楼里，第二天，风间被发现晕倒在钟楼里，屁股上有一个印记，等他醒来之后，众人震惊的发现，风间变成了笨蛋。就这样，“吸皮皮鬼”的传闻在校园里流传开来。小新一行人决定调查事件的真相，并且找到让风间恢复原样的方法。

Scooby-Doo and the gang are trapped into a video game! So they follow up to Scooby Snacks to the last level and they met the cyber gang who just look like themselves. So, the cyber gang decided to help the gang to defeat the phantom virus.