江户时代魔鬼横行，为了对抗伪装成人类的魔鬼，一群有志之士成立了一个名叫“鬼御门”的组织。其中一个高手病叶出门(市川染五郎 饰 )，被称作“杀鬼者”，五年前他神秘地离开组织，来到第四代鹤屋南北(小日向文世 饰)开办的剧场做演员。此时在江户出现了一个名叫“暗夜的茶花”的盗贼， 实际上她们是一群表面上以云游表演为生的女子，其中最美的是一个叫椿(宫泽理惠 饰)的女子。病叶偶然邂逅了椿，两人相爱了。假扮成尼姑的恶鬼首领美惨(樋口可南子 饰)，无意中发现了椿肩膀上的阿修罗王的标记，可是椿对此一无所知，在美惨的推波助澜下，在病叶与椿结合的一瞬间真相终于浮出水面。鬼王阿修罗重生，阿修罗城出现在了世人面前。

　　时间来到最终决战的两年后，在本应已迎来和平的地球上，怪兽们再度倾巢而出。
　　与此同时，世界各地相继发生了各种入侵超古代遗迹的事件。而GUTS-SELECT（精英胜利队）也迎来了新的队长——时冈（中村优一 饰），众人开启了调查。
　　一场关乎宇宙前途命运的鏖战就此拉开序幕。
　　挺身而出的G UTS-SELECT、前来驰援的泽塔奥特曼还有身处战斗中心的特利迦奥特曼的面前出现的是……浑身散发着不祥之气的影之继承者——邪恶特利迦的身姿。
　　为了守护大家的笑容，特利迦奥特曼、GUTS-SELECT的队员们以及夏川遥辉/泽塔奥特曼（平野宏周 饰）、伊格尼斯/黑暗特利迦（细贝圭 饰），将一同投身这场光与影的大决战！

　　高田玩具店老板的独生子小刚（樱井翔 饰）秉承了父辈的基因，发明出可以用来战斗的巨型机器狗“小狗侠汪汪”。他和女友小爱（福田沙纪 饰）组成正义的“小双侠”，为保护世界和平不断努力。他们的主要对手是杜伦布贼党，分别由女贼头多龙芝（深田恭子 饰）及其一胖一瘦两个随从童兹拉（小林剑道 饰）和波亚基（生濑胜久 饰）组成。多龙芝效力于盗贼之神骷髅贝，他们奉命四处寻找传说中可以实现任何愿望的骷髅石碎片。
　　少女翔子（冈田杏理 饰）的父亲海江田博士（阿部隆史 饰）是一位考古学家，他在寻找骷髅石的过程中突然失踪。从翔子那里得知详情的小双侠为阻止骷髅贝灭亡世界的阴谋，与多龙芝一众展开连番精彩激烈的战斗……

　　影片根据兵器真人化游戏《刀剑乱舞ONLINE》改编，刀剑男士们将介入织田信长、丰臣秀吉的“本能寺之变”。