The story of the movie is somewhat based on the plot of the most recent game, "Sakura Wars 3," released back in March this year. While the game features Lieutenant Ohgami, the main character who takes off for Paris, narrates one side of the story, the movie unveils the secrets behind Hanagumi. Ohgami leaves for Paris, consequently leaving Hanagumi without a leader; thus a new character will be introduced here. To be replaced with Lieutenant Ohgami is the former leader of Hoshigumi, Rachette Artile - a rationalistic and distinct individual, who brings about serious problems to Hanagumi. The members are now in discord with Rachette. Meanwhile, Teikoku Kagekidan was being threatened by some irrelevant demons and a new type of anti-kouma mechas, (brought by an american company) appears and tries to replace the koubu-kai. Having made repeated mistakes due to the absence of Ohgami, Hanagumi is now faced with an unprecedented danger, while the abolishment of Teikoku Kagekidan Hanagumi is being schemed.

　　故事发生在1928年的美国，蓬勃的经济发展带来的不仅仅是更好的生活，一些肉眼无法看见的邪恶也在暗中滋生着。罗塞特（川上友子 配音）是马格达拉修道院的修女，同时，她也是一名怪物猎人。为了获得力量，罗塞特与恶魔克罗诺（石田彰 配音）结下了“怀表契约”，他通过吸食罗塞特的生命来维持自己的形象，在战斗时，更是能以生命为养料发挥出超强的战斗力。
　　罗塞特明白自己命不久矣，但她有一个心结必须在死前解开，那就是她的弟弟约书亚（皆川纯子 配音）。一次意外中，约书亚和罗塞特被迫分离，而这些年来罗塞特一直都在寻找弟弟的踪迹，她能在死前与弟弟重逢吗？就在罗塞特为了亲情奔波的同时，克罗诺的内心也进行着痛苦的挣扎。

　　優庫力特是位於世界西南邊的大陸,在這個大陸南邊的山腳下有一個叫托迪斯的小村,每天都過安和祥的日子~
　　一天當克雷斯來到父親米格爾創辦的劍道場時,遇到許久不見的德雷斯坦師父,此時米格爾告訴克雷斯,有關那條作為15歲生日禮物的項鍊上的寶石時,自幼與格雷斯一起長大的切斯塔來找格雷斯出外打獵,故事由此展開!

　　分隔在两个世界的爱力克兄弟二人，使用各自的手段尝试着兄弟再会。
　　哥哥爱德华穿过“门”来到真实世界。公元1923年的德国慕尼黑，一场世界大战即将到来。无法在这个世界使用炼金术的爱德华，与长相酷似弟弟的青年爱尔凡斯一起研究火箭的科技，希望借助火箭回到原来的世界。另一边的炼金术世界，弟弟阿尔冯斯修行炼金术，打扮宛若曾经的爱德华，与国家炼金术士们一起寻找找回哥哥的方法。
　　而暗地中，慕尼黑的一个神秘组织开始了寻找理想国“香巴拉”的仪式，连接炼金术世界与现实世界的“门”被打开了。
　　兄弟二人的命运与两个世界的危机交织在一起，爱力克兄弟要面对前所未有的挑战。