《熊出没之探险日记2》则延续了上一季的剧情，除了保留大家最爱的女性角色赵琳外，还加入了人类大反派“天才威”等新角色，使剧集更具矛盾冲突。
九重天危机后，世界又恢复了一派安宁景象。当今社会，手机、电脑等电子设备成为了人们的生活必需品，网络信号覆盖全球。有很多人沉迷其中，忽略现实生活，导致生理、心理疾病，甚至道德败坏。这成为了现代社会的顽疾，也让地球成为了黑暗势力的新目标。病毒机械兽来袭地球，散播黑晶，黑晶像蒲公英一样飘入人们的电子设备屏幕里，吸收能量后吞噬屏幕面前的人，使普通人变成黑士兵，而一些沉迷网络，或有网络恶习的人变成机械兽。
小师爷是生长在江南古镇绍兴的天才儿童，受师爷文化和父亲的影响，立志做一名顶天立地，为国为民的大师爷。他性格顽皮，举止搞笑，极富侠气和正义感。他借用自己的智慧和勇气，与小越、丁丁、钱贯等小伙伴一起，从身边做起，从小事做起，克服各种困难，处处替人排忧解难。在这一过程中，小师爷虽然经历了各种困苦和磨难，但却收获了更多的东西，友谊、关爱、和身心的成长。
出身豪门的叶子秋，一直在烂泥里生活。她善良隐忍，为了替妹妹嫁给一个傻子，临死的她被强行植入新的心脏，从此落入了严孟君的魔爪！
有一个外号邋遢大王的小男孩，他特别邋遢，不讲卫生，信奉“不干不净，吃了没病”。这天，鼠王想征服人类、称霸世界，于是想找个人来当他的细菌武器的试验品。鼠国密探看中了邋遢大王，因为只有他会吃不干净的东西，于是，邋遢大王喝了被老鼠下了药的橘子水后，身子变成了和老鼠一样大小，被老鼠密探骗到了老鼠王国！来到老鼠王国后，邋遢大王真正感到后悔了，想回家却又无奈被关了起来。幸好邋遢大王认识的好友小猫小狗把鼠博士准备在他身上做实验的换掉了，邋遢大王才逃过一劫。邋遢大王最终能否逃出鼠国？
少年刘横顺，因崇拜九河城镇安司司长段林，一心想做惩恶扬善的少年英雄。但由于身患“灶病”，因此处处受到段林的限制。中元节河灯会，牵扯出白亭山悬而未决的祭子团大火惨案，刘横顺、杜帅、孙小臭三人决定夜探白亭山，发现藏身于此的魔古道圣女小白，在一番对峙交锋后，刘横顺得知十年前的大火并非意外，而幕后黑手烟斗男的出现，使得案件变得扑朔迷离，真相越来越远……
