《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
费兴空与思睿突然发现自己生活在一个漫画的笼子中，两人想要逃回现实世界。但是面对“作者”的绝对控制，两人被逼无奈在不断变幻的故事世界中不断逃离······
公元2200年，碳基星球再次爆发“碳灾”，“碳魔”卷土重来，使得星球生灵涂炭。为了拯救家园，核精灵队长秦羽鹭与何小光重组核精灵战队，最终，他们将“碳魔”重新净化。碳基星球恢复往日安宁，何小光和秦羽鹭也继续他们的环保事业。
沉没多年古船离奇现世，男孩馒头意外闯入，却发现船上聚集着诸多亡魂……一场大雨过后，“蝼蚁”重生，命运会有改变吗？
