小偷狗仔因打荷包被追捕，认识了警察丘国柱(吕良伟)并结成莫逆。名盗老如风(鲍方)，做案手法利落，警局总监丘镇岳(朱铁和)屡次拘捕他，却因证据不足让他逍遥法外；加上两人皆钟情于四姨(白茵)，令两人更如水火。老若翩(赵雅芝)老如风养女，与国柱要好，但狗仔同时亦钟情于她。后来若翩与国柱合力撮合狗仔与翁静怡(林绮雯)情缘。国柱在无意中查出翁向明(刘兆铭)与二十年前一劫案有关，于是搜罗罪证，要将向明绳之于法，与向明展开一场追逐战。国柱与若翩的婚事遭双方家长反对，而狗仔与静怡亦要面临分手。
大毒枭文华（陈豪饰）掌控全港过半以上的毒品生意，为了打击这名头号毒枭，毒品调查科安插行动组卧底叶浩天（萧正楠饰）在华身边，最终华被最信任的天出卖而被捕。 从此，天失去了情感、恐惧和同情心，甚至对爱人丁若宁（张㬢雯饰）也失去了爱的感觉。在同僚眼中，天是一名不合群的“怪咖”，终日埋首于失踪人口调查科工作。而华入狱后一直要求单独囚禁，希望能安静地看书。 12年后，华接受网台记者林可儿（张宝儿饰）采访，言谈间为过往的所作所为后悔不已。华被证实患上末期肺癌，特区政府基于人道理由让华假释。此时，一宗杀警案的矛头直指刚出狱的华，宁要求最了解华的天重返毒品调查科。华找来哑巴徐安乐（何广沛饰）替他处理网上毒品经销，再找来旧爱章琳（胡定欣饰）助他透过股票市场洗黑钱。华希望利用有限的时间来建构他的新世界……
慧琳（杨怡 饰）和师妹惠瑜（乐瞳 饰）准备出家为尼，但尚未举行仪式，庵堂主持重病，为了替主持筹钱治病，姐妹两人结识了钱庄少东杜振峰（马国明 饰）。杜振峰答应帮助主持治病，但提出了一个苛刻的条件，那就是要求慧琳到自己的府上作侍女打工还债。 杜振峰系纨绔子弟，常常在外惹是生非，所幸慧琳武功高强，前者惹下的麻烦，总是后者帮他圆场。尽管平日里两人总是互相看不顺眼，又屡屡产生矛盾，可是久而久之，竟然生出一股别样的情愫来。杜振峰有幸进入官场成为了一名知县，以为就此可以平步青云，哪知道官场中的黑暗和罪恶深不见底，杜振峰虽然正直，却依旧不能幸免。
陈峰自小品学兼优，无论在面对任何人生关都保持最佳状态迎战。峰在外界眼中是人生的大赢家; 他事业有成，也继承家族所留下的家业，更与大学时期所结识的女友，苏婉怡建立起美满的家庭。直到有一天，怡的家中发生了一宗迷离命案，在案发现场的怡，因脑部受到撞击，深度昏迷，而这宗命案最重要的线索更被怡目睹一切。一向人生顺风顺水的峰，发现自己完美的人生不再完美，两夫妻的关系也慢慢开始改写。 在怡昏迷的期间，峰在工作上结识了非常合拍的下属，江紫珊，开始与珊日久深情，展开了地下情。此时，峰也开始发现自己对怡原有的感情已有了变数，开始对怡的病情不闻不问，令怡的学弟兼见习督察，纪杰轩起疑。轩发现峰曾在七年前所发生的命案录了假口供，开始暗中调查峰并决定为怡的至亲翻案。 当峰决定与珊移民到国外过二人世界时，收到怡终于从昏睡中苏醒的通知，发现怡已失去所有记忆。峰在此时决定暂时放下与珊之间的感情，回到怡的身边照顾她。怡在恢复记忆的期间，慢慢发现峰原来隐藏着许多不可告人的秘密，两夫妻开始了互相猜疑，各怀鬼胎的关系。在婚姻上缺乏安全感的怡，决定向轩求助。怡在轩的帮助下，开始记起当年命案的重要线索，而当年在案发现场除了怡，她还看到了自己最熟悉的背影，而自己对峰... 另一方，峰也对怡... 此时，陈家发生了命案。难道这两夫妻真的相见不如不见，谁是真凶？是他、是她、还是他们？
大明正德四年，原浙江巡抚衙门镇抚司总捕头佟林，天涯寻妻来到古北口。路见不平，痛揍秦岭五虎，救下名医麦青山、雕玉巧手麦玉芝父女、卖货郎燕三以及前往县衙上任的件作刁五门。佟林把捕获的五虎首恶送进县衙大牢，与当地捕快于翰东、雷大力、程咬银起了冲突，幸得悦来客栈的海大娘和海棠母女周旋，双方不打不相识。 当晚秦岭五虎劫狱，逃至麦家，强要神医治伤。佟林赶到麦家，一剑单挑力擒众虎，麦玉芝被他深深吸引。曾住悦来客栈的一名神秘女客失踪，佟林疑心是自己的妻子，四下寻找，发现她己变成无头女尸。知县胡原为女尸案开庭，冤枉了不少人，幸得佟林为大家脱罪，古灵精怪的海棠也爱上了佟林。 佟林山间寻访，找到带有血迹的单刀一把，此刀属于贪财好色的捕快程咬银。京都沼狱锦衣卫衙金事葛天仪也来到悦来客栈，他对神秘女客也很感兴趣，便悬赏二百两找寻女客头颅，并四处打听一把精雕玉扇下落，引起海棠与玉芝的惊疑。原来，这把玉扇已由神秘女客用一百两银子押给了海棠，海棠又请麦玉芝估价，玉芝将玉扇送去给她的雕玉老师贾盈烟估价，不料贾盈烟一见此扇连连叫玉芝退还，因为此乃不样之物恐招杀身败家之祸。佟林在一处被大火烧为废墟的宋厝努力挖掘，因为他听说，酷似其妻的女子，曾在此居住。佟林日夜以锄挖上，玉芝为佟林对妻子的痴情十分感动。葛天仪到麦家，旁敲侧击追问玉扇下落，玉芝不肯吐实。 燕三潜入刁五门工作坊，偷剪无头女尸留下的血斗篷一角，带回给佟林，经麦青山证实刀上的血型，与女尸斗篷上的是同一个人，佟林确定程咬银涉有重嫌，但县令胡原偏袒程咬银，不敢贸然行动。古北口名援、色艺双全的金兰花突然来到了镇上，要为义兄程咬银来出头。她诬陷佟林意图不轨，古北口捕快不问青红皂白的拿住佟林送监侦办。 麦玉芝前往贾府洽商出手玉扇之事，竟发现贾盈烟失踪，家仆万儿暴毙柴房，玉芝仓皇本奔出，竟遗忘了雨伞。不久贾府起火，火场留下两具焦尸，贾府玉器均不翼而飞。衙门怀疑贾家主仆葬身火场，程咬银从玉芝遗下的雨伞怀疑到她，海棠通风报信，带玉芝逃入山中。捕头于翰东在燕三住处搜出了贾府的玉器，燕三逃走，捕快们只得把麦青山带回公堂问话。佟林听说海棠、玉芝逃入深山，急得纵马急迫。隐匿山中的恶匪关东三熊，受葛天仪的指使埋伏此地要办一件大事，见海棠、玉芝二女路过，大喜追逐，二女拼命逃入山洞，幸遇佟林将她们妥为安置。 佟林查探火场，发现多项疑点，断定万儿末死，乃设计引万儿现身，并起出多件贾家失窃的玉器，随之而至的程咬银，为了争功，竟背后打昏了他，被先一步到现场的雷大力和于翰东看到。万儿在公堂常上人供出实情，，只因贪图贾府玉器，将贾盈烟囚在自己家中，再抱来两具死尸放火烧屋，造成盗窃杀人，佟林救出贾盈烟。海大娘、麦青山上山迎回海棠与玉芝。
香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。 由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。
阴间见习判官（谢天华饰）因不满庄玉雪（陈妙瑛饰）、方家希（梅小惠饰）的命运安排，擅自更改了二人的生死册，闯下弥天大祸逃往到阳间，恰遇戴耀东（张达明饰）车祸身亡。戴耀东弥留之间借尾还魂，从此改变了戴耀东一生……
