《五星红旗迎风飘扬2》承接“两弹一星”的故事，从1970年4月我国第一颗人造卫星上天写起，着力塑造毛泽东、周恩来、邓小平等老一辈革命家运筹帷幄，在复杂多变和严峻的国际环境中，审时度势，从容应对，始终立于主动地位。为了维护祖国的主权、领土完整和民族尊严，他们进行的坚定而有理有力的斗争，在严重困难面前，他们带领全国人民，迎难而上，以不屈的姿态和昂扬的精神面貌去战胜和克服困难，终于走出了一条中国特色的社会主义道路。
故事发生在清朝初年，礼部尚书彭鹏（李进荣 饰）被康熙千里迢迢派往广西平息叛乱，这漫长的旅途中，隐藏着无数的危险，亦有无数的牛鬼蛇神想要取彭鹏的性命。然而，在彭鹏的背后，有着一干侠肝义胆的朋友们扶持，他们自愿担负起了保护彭鹏生命安全的职责，而怪侠欧阳德（小沈阳 饰）的身影在其中显得尤为滑稽怪异。 淳贝勒（叶祖新 饰）是福郡王的儿子，整日不学无术仗势欺人，最终闯下大祸。秋馆（王耿豪 饰）于无意之中得知了事件的真相，遂遭到了淳贝勒派出的杀手的猛烈袭击，正当命悬一线之时，又是欧阳德出手相救才逃过一劫。彭鹏顺利上任，欧阳德、杨香武（张亮 饰）和黄天霸（林江国 饰）成为了他可靠的左膀右臂。
青梅竹马的廖云丞（靳骁 饰）和童念（李佳佳 饰）在大学时期相恋，却因为彼此之间的误会而分手。多年后两人再次相见，却是身份地位悬殊，童念所在的公司被廖云丞公司收购，二人也被迫成为同事。廖云丞得知童念多年以来还是单身，他决定开启追妻之路。为了不让童念误会，他注册了网络账号和童念做了网友，在童念遇见危机困难时，第一时间站出来保护她。二人一起经历了职场陷阱、职场性骚扰等事件，又联手解决反派之后，最终廖云丞追妻成功，有情人终成眷属。
冒牌千金苏夏陌，为找回弟弟来到茫北却遭追杀。而追查哥哥死因的戚川，因为夏陌与自己哥哥之死有关联，将其救下，两人误打误撞在当地长老见证下成了婚。由此两人开启了欢喜纠缠，先婚后爱、你追我赶的攻心之路。
段嘉许和桑稚因为桑稚学校的一次找家长事件结缘，段嘉许从此更是把桑稚当成自己的亲妹妹爱护。随着段嘉许大学毕业，两人分隔异地，又因为一些误会，关系疏远。直到成年后的桑稚如愿考到了段嘉许的城市，两人重逢。在日渐亲密的接触下，桑稚渐渐发现了段嘉许一直以来的压力来源，她想要保护这个一直对自己很好的大哥哥，重拾埋藏心底的暗恋。在桑稚的陪伴下，段嘉许慢慢解开心结，他真心喜欢上了长大的桑稚，一段纯真暗恋终于开出美丽的爱情花朵，一起经历青春的成长，彼此鼓励，相互支持。
该剧讲述硝烟弥漫下，一群铁骨铮铮的热血青年，不畏枪林弹雨，不惧艰难困苦，历经重重严峻考验，坚定科学救国的信念，成为国家杰出人才的故事。
单身爸爸陈居易用全部积蓄买下大房子，带着女儿刚搬进去不久，一个陌生女人开门进来说房子是她的，两人争执后才知道落入了“一房两卖”的陷阱。几天后，他发现这个女人竟然是掌握着自己职业命脉的大人物。女人叫方翎，运动服饰公司的品牌总监，外形靓丽，因丈夫的背叛而失婚，独自带着六岁的儿子生活。两人都因为生活原因不肯让出房子，只好听从身边人的建议，暂住在一个屋檐下。起初陈居易和方翎斗智斗勇，都想让彼此知难而退。随着两家亲属的逐渐参与，“夺房大战”火药味渐浓，而陈居易和方翎之间却渐生情愫。方翎的前夫孟醒，再婚后的日子过得并不好，他决定要把方翎重新追回来；陈居易的初恋柳茹回国后也开始介入两人的感情……经历了各种风波和考验，陈、方二人更加认识到彼此才是最适合的伴侣。两人的爱情在勇敢坚定中盛开，在憧憬奔赴中绽放，他们伴随着彼此一起成长，收获真心与自我。最终房产骗子落网，所有误会解开，二人也获得众人祝福，终成眷属。
温兮（高容方饰）在一次国外采风旅行中，阴差阳错被带到了高利贷幕后老板老贾的地下格斗场内，作为格斗胜利者的战利品。最终赢得温兮的是一个年轻又神秘的华裔男子徐哲青（任运杰饰）。老贾看中徐哲青雇佣兵般的身手，恩威并施强行将他留下为自己效命。殊不知，徐哲青真实身份是一名私人安全 顾问，此行是来救温兮出去。 在经历了种种险境后，两人携手逃离了老贾的控制。 三年后，温兮意外与徐哲青重逢。分属不同阵营的两人，却又被往日的情感裏挟着。这一次，两人是否可以再次携手冲破黑夜的桎桔，相拥在极昼的时刻……
蔚蓝大海之上，高远树（张翰 饰）正向经历了长达七年爱情长跑的女友童雨晨（吴映洁 饰）求婚，谁知却突然遭遇了严重的撞船事故。一同卷入事故的还有他们的好朋友何小歉（范世琦 饰）、安逸飞（张云龙 饰）等人。事故起源于X教授吴天铭和燕超尘（纪亚文 饰），教授因正在研究的药物艾克思1具有改变人类基因的副作用而决定终止实验，谁知撞船事故后却令高远树等人的身体发生奇异的变化，他们不约而同拥有磁场控制术、读心术、预知未来、操控思维等各异的超能力。 接二连三的谜团摆在这些现代超人的面前，他们不知不觉背负了重大的使命……
六年前女主安燃（肖雨 饰）接连遭遇母亲车祸身亡、意外怀孕等变故，产下龙凤胎后又被异母妹妹将儿子夺走，赶去国外。六年后安燃携女归来成功复仇，找回了失散多年的儿子并与孩子的父亲司徒墨（徐炳超 饰）再续前缘。
