上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。 此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。
延续第一部的史诗故事，柯拉（索菲亚·波多拉SofiaBoutella饰）与幸存的战士准备好豁出一切，与勇敢的碧草星居民并肩作战，即使村落不复往日和平，仍是对抗母星失败的人们寻得的新家园，这一切，就靠他们来守护。最终大战前夕，这群战士必须面对各自的过往，也揭露他们究竟为何而战。当叛军势力星火燎原，王国大军倾巢而出准备平息动乱，战友情谊益发坚定，英雄崭露头角，不朽传奇也于焉诞生。
广袤的银河系，已经被名为巴里萨利斯（弗拉·菲FraFee饰）的暴君所统治，并建立起庞大而残酷的帝国。位于银河系边缘的一座殖民星球，人们过着拮据贫苦的生活。这一天，帝国军舰突然出现在星球上空，狂暴的军官出现在人民面前，他不顾当地人的生计和死活，命令他们在规定时间内交够足够的粮食。军官走后，留下一队士兵监督人民劳作。谁曾想，一次突发事件导致女孩柯拉（索菲亚·波多拉SofiaBoutella饰）和帝国的机器人吉米（安东尼·霍普金斯AnthonyHopkins配音）反抗并杀掉了这些士兵。为了对抗巴里萨利斯的大军，柯拉等人出发前往抵抗组织“血斧”。一场冒险就此展开……
