宋末蒙古蒙哥大汗南下侵宋，途中遇到飞天炮阻击身受重伤。后法王虽偷得飞天炮，然蒙哥伤势加重，只得撤兵。返程中被忽必烈偷袭，逃入雪山。蒙哥感到命不久已，写下血书，传位尚年幼王子海都后自尽。大雪山中人马走散，飞天炮和血书失踪，海都逃出雪山后遇到受伤的法王，原来他受到中原三大高手的袭击，他们一起返回雪山找寻其它队伍但是雪山迷宫使他们放弃。与此同时三大高手也感无力进入雪山，将进雪山迷城的地图分成三份交各人保存。法王带着海都勉强到达师弟银枪法王处，将海都托付给师弟后毒发身亡。海都从此身负夺回帝位的重任。
明朝时期有一名女飞贼飞鹰（米雪 饰）劫富济贫，神捕陆战（元华 饰）也被她的风姿吸引，两人结合后生下一女，名叫陆拾义（周丽淇 饰），飞鹰也就此在江湖销声匿迹。长大后的拾义成为了一名女捕快，处处为百姓伸张正义，却被衙门中的男人看轻。刚好新上任的县令水东流整治官员中腐败现象，便与拾义联手破解了多宗奇案。 就在这个时候发生的一宗谋杀案，嫌疑犯锁定在飞鹰身上。母亲隐瞒多年的身份终于被拾义妹知道了。拾义妹为了帮飞鹰洗脱罪名，决定与水东流一起寻找真凶。
产科医生王甫芬（张家辉 饰）天资聪慧，但又傲慢自负，对于女友死在他怀中，而自己却束手无策他始终心存愧疚。八年前，他与心内科医生齐百恒（林峯 饰）一块远赴非洲执行援外仼务，亲眼目睹了人类在大自然中生存的韧性，援外的八年中，他的人生观发生了巨大改变。回港后，他不再为名利所累，一切以病人为中心，在慈善家的资助下，开设了龙城医疗中心，专心致志为病人服务。百恒初入龙城，他十分惊诧甫芬的工作作风，甫芬为病人治疗不惧踏医学雷区，不按常理出牌，但往往效果出人意料的好，久而久之，近朱者赤，百恒被其人道主义精神所感染，更被甫芬“即医病又医心” 的品德所感动......
特工编号C9的余小娇（高海宁饰）隶属的特工组织香港分部无故爆炸，小娇自此与总部失去联络。及后小娇下嫁忠厚老实的卖菜佬高大劲（马国明饰），每天忙着照顾大劲一班麻烦多多却温暖无比的家人，过了四年平凡幸福的师奶生活。没料到昔日的特工拍档B3（黎诺懿饰）突然现身，邀请小娇调查特工分部爆炸原因，以及找回分部被炸毁后失踪的VT神经毒剂。从此，小娇开始过着师奶及特工的双重生活。大劲无意中得悉小娇的特工身份，一时未能接受。冷战期间，大劲认清对小娇的感情，真心接纳小娇。未几，小娇发现B3竟是炸毁特工分部的叛徒，并利用小娇夺取VT神经毒剂谋利。小娇与毫无特工技能的大劲夫妻同心，携手对付B3，力保世界和平！
漫天飞雪，瑟瑟寒冬。东邪黄药师（姜大卫 饰）一人独饮，挥酒淋剑，一场腥风血雨似在这刀光剑影中一触即发。天下第一武学奇书《九阴真经》引发江湖纷争，缘起缘灭，掀起连番恶斗。华山论剑后，真经之争似已平息，然而金国萨满教圣女冯蘅（梁佩玲 饰）因教中法器与真经有关，被卷入武林争夺之中。危急中，冯蘅被黄药师所救，两人互生情愫，情根深种。黄药师为救冯蘅身中剧毒，冯蘅只得从周伯通（廖启智 饰）手中骗取真经，却引来西毒欧阳锋（罗乐林 饰）前来抢夺，欲将之据为己有。铁掌帮大弟子陈玄风（张智霖 饰）本与白驼山首席女弟子梅超风（关宝慧 饰）势不两立，却在阴差阳错间结下不解情缘，更双双成为黄药师爱徒。然而欧阳锋仍对真经耿耿于怀，不惜胁持梅超风逼迫陈玄风偷取真经，徘徊在恩师与爱侣之间的陈玄风，矛盾不已。
从1993年开始TVB兴起了一股翻拍金庸剧的潮流，随之而来的是正剧之外的前传或外传类的杜撰金庸剧的轮番出场，射雕出了九阴真经，南帝北丐，中神通王重阳，倚天则出了这部金毛狮王和后来96年的武当张三丰。 金毛狮王一定程度上丰富了倚天中明教这条线的情节，谢逊和成昆如何从师徒变为仇敌，阳顶天和成昆怎么会从莫逆之交变成一对死敌，杨逍殷天正等人如何成为一代大侠，这些都是该剧吸引大家眼球的资本所在。 当然该剧的硬伤也不少，和其他“杜撰金庸剧”一样，部分情节捏造的有些与原著无法联系，但整体上对于喜欢金庸剧的朋友来说这还算是一道不错的小菜。
